Советский, российский археолог. Кандидат исторических наук. Научный сотрудник, докторант Института археологии РАН.
Уроженец г. Москвы. Закончил исторический факультет Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова, специализируясь на кафедре археологии. Ученик академика Б.А. Рыбакова, по заданиям которого совершил первые полевые маршруты по Днепровскому Левобережью. В настоящее время является едва ли не единственным специалистом по южным пределам Древней Руси X–XIII в. в штате Института археологии РАН.
На протяжении 1970-х – 1980-х гг. производил полевые исследования — стационарные раскопки и углублённые разведки (с оригинальной методикой шурфовки основания валов городищ и т.п. приёмами) древнерусских памятников, прежде всего укреплений, поречья р. Сулы. На основе полученных данных и параллельного исторического анализа письменных источников реконструировал территориальное устройство и социально-политические судьбы пограничья Переяславской земли с кочевой степью. Результаты реализации этого масштабного археолого-исторического проекта опубликовал в трёх монографиях и целом ряде статей.
С распадом СССР и отделением Украины от России вынужден был прекратить свои многолетние работы в Посулье. В 1990-е гг. участвовал в работах Посеймской экспедиции на территории Курской области (руководил раскопами, в том числе на площадке цитадели Липинского археологического комплекса в Октябрьском районе). Соавтор статьи о происхождении Курска как летописного города. Развивал аргументацию в пользу нижнесульской, а не верхнепсёльской локализации древнерусского города Римова, который Ю.А. Липкингом и другими курскими авторами отождествляется с Гочевским археологическим комплексом на территории Курской области.
Работы Ю.Ю. Моргунова по южнорусской истории и археологии способствуют более научному пониманию и той её части, что относится к территории Курского Посеймья X–XIII вв.
Сочинения: Разведки на Сумщине // Археологические открытия 1972 г. М., 1973; Разведки в Черниговской области // Археологические открытия 1974 г. М., 1975; Новый вариант печати Владимира Мономаха // КСИА. Вып. 144. М., 1975; Летописный Вьяхань // Советская археология. 1982. № 2; Древнерусские городища течения р. ромен // КСИА. Вып. 175. М.. 1983; Летописный Попаш // Советская археология. 1985. № 1; Круглые городища Левобережья Днепра // Советская археология. 1986. № 2; Древнерусские городища в окрестностях летописного города Лохвицы // Там же. 1988. № 2; К изучению летописного города Римова // Там же. 1989. № 1; Летописный Кснятин и его некрополь на Суле // Краткие сообщения Института археологии. Вып. 205. М., 1990; Древнерусские памятники поречья Сулы. Курск, 1996; «Курескъ на Тускоре»: к вопросу о происхождении летописного города // Труды VI Международного Конгресса славянской археологии. Т. 2. Славянский средневековый город. М., 1997 (В соавторстве с С.П. Щавелёвым); Посульская граница: этапы формирования и развития. Курск, 1998; Оборонительная структура Переяслвской земли // Труды VI Международного конгресса славянской археологии. Т. 4. М., 1998; О пограничном строительстве Владимира Святославича на Переяславском Левобережье // Российская археология. 1999. № 3; О сырцовых стеновых кладках эпохи Владимира Святославича на Переяславском Левобережье // КСИА. Вып. 211. М., 2001; О некоторых особенностях домостроительства поселения Сампсониев Остров на Средней Суле // Там же. 2002. № 1; Сампсониев остров: пограничная крепость на посульской окраине Южной Руси в XI–XIII вв. М., 2003; К изучению южнорусских колодцев X–XIII вв. // Российская археология. 2006. № 3.
Литература:Щавелёв С.П. «Град Римов» в «Посеймье» (два этюда к летописной географии Курского края) // Курские тетради. Курск и куряне глазами ученых. Тетрадь 5. К 100-летию со дня рождения Ю.А. Липкинга (1904–1983). Ч. 1. Курск, 2004.